本文簡單介紹 Linux 和 Windows 系統的對比分析，使用者可根據實際情況選擇部署時的系統。
要想選擇合適的系統作為伺服器，首先需要了解 Linux 和 Windows 的不同之處。
Linux：
免費、安全性高、靈活性強、可客製化強，對於商業伺服器是首推，但其要求高、操作難度較大（尤其對於適應了 Windows 介面工件系統的過程員來說）。
Windows：
圖形化操作介面、專業系統維護隊伍（不定期的打修補），易操作、易學習。
Linux 伺服器與 Windows 伺服器就性價比而言，Linux 伺服器優勢是很明顯的。Linux 作為資源管理和工件系統來說，是開源、免費的，而正版的 Windows 的工件系統是收費的，因而就性價比來說 Linux 伺服器優於 Windows 伺服器。
1）由於 Windows 在家用及辦公中基本佔據全部市場，那麼大部分病毒也是針對 Windows 系統而研發，比如 2017 年的wannacry 勒索病毒，就是針對 Windows 系統 445 埠的一些漏洞而產生了巨大的破壞力，值得一提的是此次病毒波及範圍除了一些 Linux 系統因與 Windows 連結共享而受到攻擊，Linux 系統本身經受住了考驗。
2）在企業中使用 Windows 伺服器最大的問題還是它會更新一些修補，要使這些修補生效的話必須重啓系統，重啓系統就意味着服務當機，而 Linux 則因為 iNode 號的不指定檔案名稱機制不必重啓，那麼對於大部分企業來說，這也是很重要的一點。
3）Linux 是多使用者多進程系統，意味着 Linux 能夠一次性處理大量正在運作的進程，比 Windows 能夠處理的數量要多得多。
4）Windows Server 是圖形介面模式（雖然現在也有命令模式的），業內普遍認為 Windows Server 的穩定性比 Linux 要差。我們時常見過待機五六年不重啓的 Linux 伺服器，但很少見過待機時間超過 1 年的 Windows 伺服器。
如果企業選擇建站的內容和流量都不是很大的情況下，相同的配置的 Linux 伺服器的效能比 Windows 伺服器好一些，Linux 伺服器佔用的資源會少一些。
更重要的一點，Linux 伺服器可以長時間運作而不產生無法消除的「系統垃圾」進而導致伺服器運作緩慢或當機，而Windows 由於高度客製化，導致經過長時間運作需要透過關機重啓來消除「系統垃圾」，對於專業化、商業化伺服器來說，Linux 更勝一籌。
在整合應用過程時，Windows 往往是最簡單的。此外，Windows 本身自帶了良好的存取控制機制，無需安裝任何插件或修補包就可以實現有效的存取控制。
無論是 Windows 還是 Linux ，都存在系統修補，但給 Windows 打修補要容易得多，而且所有修補都來源於微軟。而Linux 下的修補機制就複雜多了，有軟體開發組織針對單一軟體發佈的修補，也有 Linux 發行版廠商發佈的修補包集合，另外 Linux 下打修補是一件風險很高的事情。雖然在 Linux 中打修補有些困難，但是在強大的開源軟體中有幾款相當強大的修補管理工具。總之，給 Linux 系統打修補是一件很複雜的事情，沒幾分膽量和把握是不敢輕易安裝修補的，而在 Windows 下，即使是個剛入行的新手也可以給系統安裝修補。
1）Linux 系統和 Windows 系統有屬於自己的安全技術，Linux 的開源軟體開發方式有助於曝光錯誤，集衆人智慧解決問題，各種修補更新得很快，這是 Windows 伺服器不具備的優勢。Windows 的另一個不利因素是其許多應用過程依靠連執行緒序呼叫，這就迫使 Windows 的防火牆沒有 Linux 那樣嚴格。而 Linux 連執行緒序呼叫是限制使用的。
2）Linux 的權限控制機制比 Windows 要好的多的多，所以，製作 Linux 病毒的成本是相當高的。所以，Linux 系統下連殺毒軟體都沒有。
Linux 速度比較快，安全性比 Windows 好。
有很多軟體只能在 Windows 裏運作，與 Linux 相容的軟體正在開發中。
Linux 穩定性高於 Windows 。
Linux 的操作比較複雜，Windows 的比較簡單。
建議專業人士或是大型企業、對伺服器有特殊要求的使用者使用 Linux 系統，其系統核心穩定，不過對操作和維護人員要求也高。
如果沒有專業的操作和維護人員，建議使用 Windows Server 系統，其簡單易用，對操作和維護人員要求較低，市面上有着很多很好的教材。